水下清理淤泥是应该注意海流有一定的流向和流速，有的海域还多层流，在这种情况下，海流在不同的深度，有其各自的流向和流速，而且流向和流速随时间的变化而变化。在江、河中，同样也存在着水的流动。须派有经验的潜水员下潜，同时水面应安排有经验的潜水员担任应急救护潜水员。在作业是潜水员下潜的同时，救护潜水员同时着装备便。潜水前特别要注意选用做够强度的潜水软管和信号绳。水下清理淤泥供气软管连接处必须牢固。增加压铅与潜水鞋铅垫重量。潜水员下潜和上升时必须紧握入水绳，必要时应使用安全钩。在水底时不得离开行动绳。尽量采用水面减压法，减压方案应选用延长方案。
下沉过程中，应做到均匀，对称出土，严格控制泥面高差，当出现平面位置和四角差出现偏差时应及时纠正，纠偏时不可大起大落，避免沉井偏离轴线，水下清理清污时应注意纠偏幅度不宜过大，频率不宜过高。制作底节沉井围堰，浮运至墩位处定位，通过水上起重设备起吊，放入水中浮起，并用导向船和缆绳将其在流水中定位，在向空壁中注水压重下沉并逐层接高压重，同时吸泥下沉。当围堰下沉至岩面时，水下清淤可以将刃脚与岩面空隙填实，再向空壁中注水压重使其不再悬浮。双壁钢围堰下沉稳定后，可在其顶部搭设施工平台，安装固定钻孔护筒，灌注水下混凝土封底，安放钻孔设备进行钻孔桩施工。完成钻孔桩水下混凝土灌注后，可将围堰内的水抽干，修筑承台和礅身，礅身出水后，适时切除钢壳围堰，进入下一个施工循环。