及时使用强流动相清洗色谱柱，特别是使用等度分析方法或者洗脱强度比较低的分析方法时，很容易积累强保留的化合物。
a.对于反相模式（如使用C18柱）：
1).用高比例水相（如80%）冲洗色谱柱5-10个柱体积，以去除管路和色谱柱中的缓冲盐（如果体系没有使用缓冲盐可以省略这一步）；
2).用高比例有机相（如80-90甲醇/乙腈等）冲洗色谱柱10-20个柱体积，必要的时候，可以使用更强的溶剂（如异丙醇或者含少量THF的异丙醇）清洗，再用推荐保存的流动相冲洗后保存。
b. 对于HILIC模式（如使用Diol柱）：
1).用高比例水相（如50%的水，部分HILIC柱有水相比例的******限度，需要仔细阅读说明书）冲洗色谱柱10-20个柱体积，以去除管路和色谱柱中的缓冲盐，并清洗色谱柱；
2) .按照推荐保存的流动相冲洗后保存。
Comix系列混合模式色谱柱：
对于含有强碱性基团的固定相，如：
必须需要在弱酸性条件下使用和保存，因为强碱性基团会在硅胶表面形成强碱性环境而破坏硅胶基质。
对于含有酸性基团的固定相，如：
不可使用甲醇作为有机相，因为酸性基团与甲醇发生酯化反应而被改性（稀释剂中的少量甲醇影响可以忽略），特别要注意避免管路残留的甲醇被冲洗进色谱柱。
氨基柱：
1. 水相高的时候易发生固定相（氨丙基）水解而发生柱流失；
2. 氨基身会电离而产生强碱性环境而腐蚀硅胶，因此在弱酸性条件下稳定性更好；
3. 易与醛类化合物（如还原性糖：葡萄糖等） 、芳香羰基化合物发生席夫碱反应，而死吸附化合物并改性色谱柱，影响重现性：
4. 尽量保存在纯有机相中，以避免发生水解反应和自身电离产生强碱性条件而腐蚀硅胶。
