色谱柱在使用中很常见的问题就是柱压升高，如果柱压是在长时间使用过程中缓慢增加，属于正常现象。但柱压在使用过程中突然升高(系统管路堵塞及压力传感器故障除外)，可能的原因有如下几点：
(1)色谱柱头的过滤筛板堵塞或污染；
(2)色谱柱头的填料被样品污染；
(3)色谱柱内缓冲液中的盐遇到高浓度的甲醇或其他有机溶剂，形成结晶析出；
(4)流动相pH值过大或过小使固定相结构破坏或溶解。
解决办法如下：
(1)如确定是色谱柱头的过滤筛板被污染，可以将色谱柱反方向用甲醇冲洗至正常压力，或者卸下色谱柱头，将其放在10%的稀硝酸内超声清洗10分钟，后再用纯水超声10分钟，重新装入色谱柱。
(2)如确定色谱柱头的填料被污染，将柱头螺丝卸下，挖出柱内前段被污染的填料，用相同的柱填料重新填入，仔细修复后，重新安装上柱头螺丝。
(3)如确定定是盐结晶，用10%的甲醇/水冲洗色谱柱使柱内盐全部溶解，再换高浓度甲醇。
(4)如果因pH值使用不当，很难恢复。
在选择色谱柱之前，先多了解自己的样品和杂质，他们的类型结构、极性、酸碱性、分子量大小等等。
1.样品是极性的且弱酸性的;就可以选择C18在99%酸性水溶液条件下检测，即要选择承受99%纯水且对极性化合物保留很好的色谱柱
2. 如果样品极性太强，或酸性太强;可以选择CN，NH2，或硅胶柱，HILIC(亲水色谱)，也有使用C18+强阴离子对试剂或强阴离子交换色谱柱(缺点是离子对试剂平衡时间长，对流动相pH要求比较精密，否 则很难重复实验，另外离子对试剂很难洗下来，基本上用了离子对的色谱柱就不能再用于其它实验)
3. 若样品是碱性的;可选择高纯硅胶柱(高纯硅胶缺少金属杂质，且硅胶端基封尾)或一些经过修饰的C18柱(如极性嵌入技术或碱去活技术等)，他们都会减少碱性化合物的拖尾，一般会选择中性或偏碱的条件下做，因为这样可增加碱性样品的保留
4.如果碱性化合物的极性太强，或碱性太强;可以选择宽pH的C18色谱柱在高pH值检测(优点是方法开发简单，缺点是目前实 现这一技术的色谱柱品牌比较少，价格也高)或者选用HILIC色谱柱(硅胶柱在反相条件下使用，这也是很经典的检测碱性样品的方法)选择强离子交换柱(缺点 是不能用来分析其它样品，对流动相pH要求比较精密，否则很难重复实验)也有使用C18+强阴离子对试剂或强阴离子交换色谱柱
