防垢除垢原理利用钕铁硼稀土永磁材料蕴藏的巨大能量，经优化设计，形成多波峰垂直中心磁场。当水或流体以≥一定的速度流经垂直磁场时，将会产生电动势，使晶格细化,即原水中的垢晶颗粒粒径由原来的约3.39微米，变为约0.22微米,且流速越快，产生的电动势越大，效果也越理想,从而达到防垢、除垢的目的。
灭菌、灭藻原理由于磁水处理设备磁场在水波中产生紊流，破坏了细胞膜的离子通道，改变了细胞适应的内控电流和生存所需的环境条件，使其丧失生存能力而死亡。同时，磁激励后的水分子能将水中溶存氧包围，破坏了微生物进行生命反应所需的氧的来源，从而达到了很好的杀菌、灭藻效果，防止生物污泥的产生。
阻锈、防腐原理金属锈蚀需要氧，高频电磁能量的作用使单个水分子包溶了溶解在水中的氧分子，使溶解氧成为惰性氧，封断了金属锈蚀所需的氧的来源。同时，高频电磁波激起了悬垂复合调制频率的电磁场所产生的"集肤效应"，在管壁上聚集了过剩的负电荷，而在水内部聚集了过剩的正电荷。
正电荷强烈排斥带正电的同性Fe3+，阻Fe失去电子变为Fe3+从金属管壁分离进入水中;同时管壁上过剩的负电子也不断地吸引带正电的Fe3+，阻碍它溶于水中;从而使原管壁上的Fe2O3(红锈)还原成具有耐腐蚀力的黑锈外膜Fe2O4，达到防锈、防腐。
