对于养殖企业来说，总是有死畜禽要处理，养殖会有相应比例的非正常死亡，这需要正面的去面对，所以应该有相应的处理方法，动物无害化处理设备能较好地处理动物尸体，虽然看起来它在设备上起着比较重要的作用，应该较好的利用，但在实际使用中也面临一些问题。接下来我们来谈谈动物无害化处理设备面临的问题：
      1.虽然对一般场所使用无害化处理设备处理动物尸体有规定，但运行情况不容乐观。一是一些地方仍弃死畜禽野外、渠道、河流或非法流入市场。另一种是，当出现大规模疫情时，仍有许多动物尸体无法处理，然后只能进行掩埋。
      2.如果出现大规模疫情，其实现在很多地方较难找到一个地方对死畜禽进行深埋处理。而且，因为每次都需要直接埋葬，所以每次都要找个地方。现在土地如此珍贵，显然这种掩埋方式已不可行。因此，我们应该大大发展动物无害化处理设备，如果对动物尸体进行处理，可以速度使用，产品可以循环利用，而不用担心尸体的污染。
      3.减少投资
      成本投入少是个问题。对于养殖企业来说，如果没有相对利益的驱动，他们就不会对无害化处理工作很感兴趣。比较重要的是，他们应该想方设法吸引无害化处理制造商落户，并批准相应的土地使用。这些也是资金投入，减少了无害化处理企业的资金投入。
      4.群众还没有意识到
      无害化处理的监督应该是全民参与的事情。乱扔死畜禽的行为对整个环境有负面影响，全民参与监管。
      5.死畜禽的管理较困难
      收购死畜禽较隐秘，买卖死畜禽牟取暴利。为了牟取暴利，总有人铤而走险。许多分子正在回收或挖掘、出售掩埋的动物尸体，但这些尸体被注入市场后，仍进入消费者口中。