洁净空调系统中所使用的空气过滤器在经过一段时间运行后，其容尘量和空气阻力都会达到其允许的值。此时，就必须进行更换，否则洁净空调系统将无法正常运行，致使送风量减小，风速和换气次数不足，洁净室也将不能达到使用效果。在对高效过滤器拆除之前要对室内的设备等采取保护措施，防止末端空气过滤器拆除中和拆除后，风道、静压箱等处积存的灰尘落下对设备和地板造成污染，在更换洁净空调系统中各级空气过滤器时应注意：洁净空调系统中所使用的各级空气过滤器在什么情况下应该更换，应根据各自的具体条件决定。新风空气过滤器（粗效）和中间空气过滤器（中效）的更换，可以在空气阻力为初阻力值的1.5-2倍时进行。高效过滤器的更换在国标洁净厂房设计规范中规定为：（1）气流速度降到限度，即使更换初效、中效过滤器后气流速度仍不能增大；（2）高效空气过滤器的阻力达到初阻力的2倍；（3）高效空气过滤器出现无法修补的渗漏是应予以更换。这也是高效过滤器更换的三原则。
洁净空调系统末端空气过滤器更换非常麻烦，更换周期也较长。因此，在更换末端空气过滤器的同时，应对系统中的所有设备进行一次大修，清理风管内的灰尘。在洁净空调系统各级空气过滤器的安装中，对保证洁净室洁净度起关键作用的是末端过滤器。特别是安装完毕末端过滤器后一定要进行检漏，按部就班地安装操作规程进行高效过滤器的安装、检漏、测试。
过滤棉 
  过滤袋 
  过滤纸 
  空气过滤器