基于电子光学原理，
重庆光电显微镜用电子束和电子透镜代替电子束和光学透镜，在高倍率下成像物质的精细结构。近年来，电子显微镜的发展取得了很大进展：一方面，电子显微镜的分辨率不断提高，电子显微镜的点分辨率达到了0.2-0.3nm，晶格分辨率达到了0.1nm；另一方面，电子显微镜的分辨率分别提高到了0.2-0.3nm和0.3nm，除透射电子显微镜外，还发展了各种电子显微镜，如扫描电子显微镜和分析电子显微镜。
- 固定：为了保存尽可能多的样品，用戊二醛硬化样品，用锇染色脂肪。
- 冷冻：样品用乙烷液体冷冻，使水不会结晶并形成无定形冰。保存下来的样品损坏较少，但图像的对比度很低。
- 脱水：用乙醇和丙酮代替水。
- 垫片：填充后试样可能会开裂。
- 用金刚石刀片将样品切成薄片。
- 着色：重原子，如铅或铀，和轻原子有更高的电子散射，所以它们可以用来提高对比度。
