重庆光电显微镜简称电子显微镜，是根据电子光学原理，用电子束和电子透镜代替光束和光学透镜，使物质的精细结构在放大率下成像的显微镜。电子显微镜用电子流代替可见光，用磁场代替透镜，用电子运动代替光子，这样就可以看到比光学系统看到的更小的物体。它的放大倍数相对较大，基本上是数万倍。

数字显微镜通过光学透镜，通过CCD或CMOS图像传感器将图像转换为模拟信号，然后传输到计算机。事实上，在光学显微镜的基础上增加了一个数字成像设备，可以将显微镜形成的图像直接显示在电脑屏幕上（英特尔推出了一款类似儿童玩具的“数字显微镜”）。它的基础仍然是光学显微镜，这与电子显微镜的成像原理有根本不同。这里我们需要区分分辨率和放大率。当精细物体被放大和成像时，其高分辨率取决于反射光波的波长。波长越短，分辨率越高。电子显微镜使用波长比普通可见光短得多的X射线成像。当然，它的分辨率很高。普通“数字显微镜”的放大倍数可能非常大，但分辨率无法提高。