在PET瓶ESL热灌装工艺中，为了防止空气中的微生物对灌装半成品的二次污染，在生产线的灌装区域设置空气净化系统是*的措施。
1、生产准备期，定期采用药物熏蒸方式对灌装区域进行消毒处理。
2、在生产前，利用COP和SOP操作对设备表面进行清洗和消毒。
3、在生产前及生产过程中，采用臭氧消毒方式；即利用HVAC系统的循环风作为臭氧的载体，由HVAC系统中净化风机产生的循环风将臭氧扩散至所控制的整个洁净区域，并且使空气中臭氧浓度均匀，对HVAC系统起到杀灭杂菌和霉菌的效果，实践发现，该消毒灭菌方式还能对过滤器起到溶菌疏导作用，延长其使用寿命。
4、灌装区域设置有自动消毒液气溶胶喷雾熏蒸系统，可自动定期对灌装空间及其设备表面进行消毒。 
5、操作过程中相关人员污染控制：防止来自操作人员的二次污染是十分重要的环节，为此，需要加强培养操作人员的微生物质量意识，同时，建立维修操作过程中意外人为污染的应急消毒措施，建立合理的HACCP质量控制体系，降低生产的风险性。
近年来，ESL灌装技术在PET瓶热灌装生产中已经得到了一定程度的应用。例如，在PH≤4.5的果果汁饮料和运行饮料PET瓶热灌装生产中，通过应用ESL灌装技术，可将热灌装工艺中的充填温度由83℃～95℃降低至65～70℃，在不添加防腐剂的前提下，使得采用非耐热PET瓶生产的饮料的卫生指标达到了耐热PET瓶装饮料的卫生技术指标及国家有关标准要求。ESL灌装技术在乳酸饮料PET瓶热灌装生产线中的应用，可以使得产品在常温状态下达到标准要求。