正压洁净室是目前保证食品加工环境安全的重要方式之一，由于本身不具备杀菌功能，且只能通过控制尘埃的方式降低微生物含量。只要开机运行，其“二次污染源”将逐一显现，如空调表冷器、管道内壁、空气过滤器等滋生繁衍细菌，需要注意如下几点：
1、洁净室污染80％源自作业人员，需要制定严格的作业规范，若能使作业人员依洁净室管理办法确实执行管理，而所有人员也均配合实施，则污染源的产生可说已减少大半。
2、进入洁净室员工，必须要具备有达成高洁净度标准，并要维持状态的观念。
3、员工进入洁净室数目以维持zui小限度为原则（愈小愈好），并须依洁净室进出标准流程进出洁净室。出则相反方向进行，唯不须经缓冲通道或风淋室脱尘处理。
4、对洁净室的空调系统及通风系统内安装动态杀菌组件，同净化机组同步杀菌使用，等同于把整个洁净室变成大型的空气动态杀菌机，整个空气都在循环杀菌，即使因各种原因滋生的细菌，很快会被循环风带走杀灭，渐入良性循环，使得整个洁净室保持无菌状态。通过合理地使用风淋室，在做好外部污染控制的同时，做好洁净室内部的清理工作，即能控制大部分洁净室的染源。