过滤器因为其构成的复杂性，以及工艺的不同，其洁净方式也与初效过滤器和中效过滤器有所不同，一般都带有自洁功能，其三种自洁方式如下： 
*种：手动自洁方式：切换到此种工作方式时，PLC就根据预先设置的定时反吹程序对每组滤芯依次进行反吹，只有将此种模式关闭，反吹才能停止。过滤器使用中与轴流风机配套使用的原过滤器为布袋式过滤器。
第二种：自动自洁方式：当压力变送器检测到净气腔与吸气腔的负压达到设定的反吹负压时，显示控制仪*报警点报警并输出开关量信号给PLC，PLC接收到开关量信号后按照预先设置的程序依次对每组滤芯进行反吹，一组为5个滤芯。正常情况下，过滤器在反吹的作用下，净气腔与吸气腔的负压下降，当负压下降到设定的负压下*，反吹停止。当过滤器在长时间的运行后，反吹对滤芯的压损下降所起的作用甚微时，净气腔与吸气腔的负压会继续升高，当其负压升高到设定的报警负压时，显示控制仪的第二报警点报警并输出开关量信号给PLC，PLC接收到开关量信号后接通控制柜门板上的超压报警灯电源，超压报警灯亮指示设备管理人员应及时更换滤芯。
第三种：定时自洁方式：切换到此种方式时，PLC就根据预先设置的定时反吹程序对每组滤芯依次进行反吹，反吹的间隔时间与反吹遍数可预先设置。