洁净厂房虽不同于一般工业厂房，但在建筑构造与材料的耐火性能以及火灾的火势形成、发展与扩散等基本特性方面，两者基本一致。所以《建筑设计防火规范》(GB 50016)（以下简称防火规范）中不少条文同样适用于洁净厂房。但由于洁净厂房具有的特点，结合防火疏散的要求，洁净建筑设计时应十分关注F面各种影响因素。
（1）空间密闭，火灾发生后，烟量特大，对于疏散和扑救极为不利。同时由于热量无处泄漏，火源的热辐射经四壁反射室内迅速升温，大大缩短全室各部位材料达到燃点的时间。当厂房外墙无窗时，室内发生的火灾往往时不容易被外界发现，发现后也小容易选定扑救突破口。
（2）平面布置曲折，增加了疏散路线上的障碍，延长了安全疏散的距离和时间。
（3）若干洁净室都通过风管彼此串通，当火灾发生，特别是火势初起未被发现而又继续送风的情况下，风管成为烟、火迅速外窜，殃及其余房间的重要通道。
（4）洁净厂房多属于生产高科技产品的生产厂房，此类厂房内的生产过程具有连续性不间断昼夜生产，且白动化程度较高，许多洁净厂房内的工作人员较少。
（5）高科技产晶生产过程常常会使用一些高分子材料，洁净室内装修也会使用一些高分子合成材料，这些材料在燃烧时产生浓烟，散发毒气。有的燃烧速度极快。
（6）某些产品生产过程使用易燃易爆物质，火灾危险性高。例如：甲醇、甲苯、丙酮、丁酮、乙酸乙脂、乙醇、甲烷、二氯甲烷、硅烷、异丙醇、氢等，都是甲、乙类易燃易爆物质，对洁净厂房构成潜在的火灾威胁。此外，洁净厂房内往往有不少极为精密、贵重的设备，建设投资十分昂贵，一旦失火，损失极大。
鉴于下以上几方面的特点、为了保障生命、财产的安全，洁净建筑设计应从防止起火与延烧，有利疏散与抢救方面采取相应技术措施，如建筑耐火等级不低于二级，较为严格的防火分隔，合理确定防火墙间占地面积与疏散路线。