净化空调的设计者不仅要了解建筑布局以考虑系统的布置，而且要给建筑布局提出要求，使其符合洁净室原理。所以通常洁净室设计空调机房，是靠近要求送风量大的洁净室，力求风管的线路zui短。但从防止噪声和振动来说又要求把洁净室与机房隔开。
从两方面都予以考虑，洁净室净化空调机房设计隔开方式有：
1、构造分离方式
（1）沉降缝隔开式：使沉降缝在洁净室与机房之间通过，起分割作用。
（2）夹壁墙隔开式：如果机房紧靠洁净室，不是公用一面墙隔墙，而是各自有各自的隔墙，而两面隔墙之间留有一定宽度的夹缝。
（3）辅助室隔开式：在洁净室与机房之间设辅助室，起缓冲作用。
2、分散方式
（1）屋面上或吊顶上分散方式：现在常把机房设在zui上层屋面上的做法，使之远离下面的洁净室，但屋面下一层设为辅助或管理室层，或者作为技术夹层。
（2）地下分散式：把机房设于地下室。
3、独立建筑方式
在洁净室建筑之外单独建立机房，但其离洁净室很近。机房要注意隔振、隔音问题，地面应全部做防水处理，并有排水措施。
隔振：应在振源的风机、电机、水泵等的支架、底座作防振处理，甚至有必要的话将设备安在混凝土板块上，再用防振材料支撑该板块，该板块的重量应为设备总重量的2～3倍。
隔声：除去系统上安装消声器外，大型机房可考虑在墙壁上贴附有一定吸声性能的材料，要装隔声门，切忌在与洁净区的隔墙上开门。