净化厂房百级区通常为垂直层流，断面风速控制在0.25～0.3m/s为宜，太大则浪费，太小则不易保证洁净度。循环风量应把百级区送风量考虑在内。药品生产厂房百级区循环风处理方式一般有如下几种：
方式1：在百级区上部设静压箱,百级区吊顶满布FFU风机净化单元，循环风从百级区侧墙下部进入竖风道，通过竖风道进入静压箱，经FFU送入室内，FFU本身即带过滤器，又有风机。此种方式，循环风加压过滤均由FFU完成，处理方式比较简单，在百级区吊顶内即可完成循环风处理。空调系统布局紧凑、方便、施工比较简单。百级区上部静压箱相对百级区为负压，百级区顶棚FFU与吊架间的渗漏，为室内流向静压箱，对百级区洁净度造成影响较小。近年来随着FFU制造技术的提高，FFU单机成本、噪声不断下降，风机效率不断提高。药品生产厂房百级区采用FFU处理方式越来越多。目前FFU产品单机噪声多在52～57dB（A）之间，若采用FFU数量较多，几十台甚至更多，则百级区的噪声难以达到规范要求，造价也较高。
方式2：百级区上部设静压箱，顶棚满布过滤器（满布率应≥65%），采用循环风机，从百级区竖风道进风，加压后送入静压箱，通过顶棚过滤器，送入室内。
此种方式有如下优点：①百级区造价较FFU系统低；②能够较好的控制循环风系统噪声。药品生产厂房百级洁净区面积较小，循环风量多在50000m3/h以内(保证50m2百级区)。实际工程中可采用多台循环风机加压，控制循环风机全压在420Pa以内。这样，采用小功率风机减小风机本身噪声，并通过在风机进、出口风管上安装消声器等措施，能有效控制百级区噪声。此方式的缺点是设置循环风机箱及处理噪声，需要较大的空间，而通常百级区周围风管都比较密集，需要精心布局。此方式百级区上部静压箱相对百级区室内为正压，顶棚过滤器与吊架间的渗漏，为静压箱流向室内，直接影响百级区洁净度。对施工质量要求较高。
方式3：万级区洁净房间内含局部百级区。此种情况在药品生产厂房洁净区内也比较多见。这种情况，局部百级区面积一般在10m2以内。可以利用万级净化空调系统送风控制室内温、湿度,补充新风。在局部百级区加大循环风量。循环风处理方式可以采取前述方式1，即在局部百级区吊顶内作静压箱，百级区范围内满布FFU，利用FFU处理循环风。循环风处理方式也可采取前述方式2，即在局部百级洁净室区吊顶内作静压箱，百级区范围内满布过滤器，利用循环风机加压。
为了提高洁净室局部百级区气流垂直层流效果，可以根据现场工艺设备高度及操作要求，适当降低局部百级区吊顶，或在洁净区吊顶下直接拼装百级层流罩，并在百级区边界处装抗静电塑料裙挡。