洁净室空调负荷包括夏季的空调冷负荷和冬季的空调热负荷。洁净空调的空调负荷的计算可采用冷负荷系数法。空调冷负荷包括围护结构传热形式的冷负荷(含日射得热)和室内工艺设备(含循环风机、净化设备内的风机等)、人员、照明等形成的负荷。对洁净空调系统而言，还包括新风负荷和二次加热负荷。
洁净室的冷负荷与一般建筑物不同，有其特殊性。一般情况下，洁净室处于内区，围护结构引起的冷负荷可按稳定传热计算。对于正压洁净室，不考虑冷风渗透引起的热负荷，但应考虑局部排风引起的补风负荷(包含在新风负荷中)。
一般来说，对一些别的洁净室，室内工艺设备的散热负荷和设备排风所引起的新风负荷占主要部分，其次是空调系统中循环风机的动力负荷，围护结构传热、照明、人体散热等传统的空调负荷只占总负荷的10%左右。根据业主或工艺设计方提出的设备清单，并考虑一定的负荷系数和设备运行系数以及设备的冷却水和排风所带走的热量，就可以计算出工艺设备的空调负荷。
由于别沽净室的洁净区一般布置在建筑物的部位，因此区内只存在冷负荷，在正常运行状态下，洁净区长期供冷。由于室内负荷的主要部分是工艺设备负荷，因此当工艺设备刚起动时，室内没有设备负荷，和正常运行时有很大的不同，不但供冷量差别很大，而且在特定的气候条件下，有可能刚起动时出现供热状态，然后再逐步切换到正常运行的供冷状态。在这种情况下，对洁净厂房的空调系统设置两套可以方便转换的工作模式是必需的，即“起动状态”和“运行状态”，并考虑起动状态的热负荷。
有些情况下，需要首先知道设备容量的大小，并对造价进行估算，若是不具备冷负荷计算条件，就要对冷负荷进行估算。洁净室的负荷估算指标见表：