洁净空调系统的施工安装是洁净厂房施工建造的重要组成部分，必须按照洁净厂房工程的整体施工要求、计划进度和洁净室*的施工程序组织安排。洁净空调系统的施工安装要求如下：
1、承担洁净室洁净空调系统施工的企业，应具备相应的工程施工安装的资质，符合相应的质量管理体系。
2、承担洁净室洁净空调系统施工安装的施工企业，应按洁净室工程的整体施工程序、计划进度安排施工，并应注意与土建工程施工及其他专业工种的相互配合。施工过程中应按规定做好与各专业工程之间的交接，并相互保护好已施工完的“成品”，认真办理必要的交接手续和签署记录文件，有的还需业主、监理共同签署。
3、洁净室洁净空调系统的施工安装以及风管及附件的制作、设备和管道的安装、检查验收、测试等均应符合 CB 50591 -2010《洁净室施工及验收规范》 和GB 50243- -2002 《通风与空调工程施工质量验收规范》的有关规定。
4、不同的洁净室其洁净空调系统的施工安装方案和程序也不同，因此，必须严格按设计图的各项要求进行。施工过程中由于各种原因需进行修改时，应得到工程监理和设计方的认可，必要时应得到业主的同意。在施工过程中，需由施工企业承担必要的深化设计时，其设计文件应得到设计方确认。
5、施工过程中所使用的材料、附件或半成品等，必须按规范和设计图的有关规定和要求进行验收，要得到工程监理的认可，并做质量记录。
6、隐蔽工程。在进行隐蔽前必须经工程监理的验收和认可，并做质量记录。
7、洁净空调系统的分项工程一般有：风管及配件制作、风管系统安装、消声设备和附件安装、风机安装、空调设备安装、系统检测、空气过速器安装、局部净化设备安装、风管和设备的绝热保温等。