为确保生产环境对生产工艺的污染处于控制之中，就需要对环境设定限制。对空气环境而言，通过测定空气悬浮颗粒物或微生物的生成单位来作出判断。而且ISO 14644和其它相关标准对于采样方法和限制都有具体的规定。控制的方法主要是净化通风，但对于人员与产品因直接接触而造成的危害，其控制措施主要是戴手套、指套，以及要求生产人员采用尽可能避免直接接触的正确操作方法。而监测工作包括检查所用手套的破损情况、测量手套表面的粒子或微生物等。
洁净室内的污染源、传播途径、控制与监测方法见下表：

监测采样必须采用正确、可靠的方法。为保证监测采样的结果可靠，以下问题必须引起重视。
1、采样仪器的采样效率
例如根据洁净室监测的微粒粒径，尽可能选用合适的离散粒子计数器，避免使用其粒径阈值作为监测粒径，一般来说离散粒子计数器的粒径阈值档的效率往往偏低。
2、仪器校准
仍以离散粒子计数器为例，其激光光源的光强、其它如光电转换电子器件的效能，都会随时间有所变化，定期校准与标定是保证其测值可信的重要条件。
3、制定报警值和行动值
有些监测系统是连续工作的，如高洁净度洁净室设有持续的颗粒物计数监控装置，而另一些相对不十分重要的污染源，如顶棚等，可能只有定期的清洁制度，并不对其进行监测。对洁净室内的各种危害及相应的控制方法都要确定监测的制度，其中就包括监测的频率。危害程度越高，采样应越频繁。
当监测结果表明污染危害未受到控制时，必须事前先确定应采取怎样的纠正措施，设定报警条件和行动条件就是一种常用的方法。报警值设定为某个高于预期值的污染浓度，但该值仍在控制范围内。一般超过报警值并不采取行动，因为这仅是对将来出现问题的一个警示。如果在相对较短的时间内多次出现报警，则可能预示着需要采取行动。
而行动值应设置为一旦超过就必须进行检查、分析，确认这种状况是否可以接受。如果不能，要采取什么措施才可以控制局面。