一次回风净化空调系统当回风和新风混合后将混合点的空气状态经过表冷器冷却、去湿到机器露点，然后再进行加热到送风状态点，有一个再热过程，这样耗能很大。而二次回风净化空调系统就避免了再热过程，比一次回风净化空调系统节能。在洁净空调系统中一次回风是经过计算处理冷热负荷所需的风量，二次回风的风量是由于洁净度的要求而提高的送风量，由于洁净空调系统的送风量是不能变的，而当室内负荷发生变化时就可以通过调节一、二次回风的比例来调节送风状态点，省去了再热过程，运行能耗大大降低。需要注意的是，在焓湿图上一次回风的混合点和二次回风的混合点是变化的，一次回风的混合点不再是新风量和总送风量之比，而是一次回风量和新风量之比。

二次回风净化空调系统的优缺点和一次回风系统基本相同。节约能耗是二次回风净化空调的优点，其缺点是对自控专业提出了较高的要求，对温湿度控制的执行手段由一种单纯的调节水温（水量）变成既可调节水温（水量）还可调节一、二次回风的比例，两个变量的自控程序比一个变量的自控程序要复杂得多。