洁净手术室的正压是通过送风量来控制的，在系统调试时一般可以达到设定值。但是系统在运行中，由于门的开启、结构性泄漏、过滤器积尘或者室外风速的影响，往往会造成手术室内空气的泄漏，引起正压值的波动。这将破坏洁净手术室的气流组织，并且引起额外的能耗。特别是当出现门缝泄漏及楼板管线开孔泄漏等结构性泄漏情况时，手术室内的正压将无法建立，结构性泄漏成为能源浪费的主要原因。当正压为10Pa时一扇门门缝的泄漏量估算为176 m³/h，若手术室门没有关，则泄漏量更为巨大。泄漏的风量最终将转化为空调系统的负荷。
常见的正压控制方式有以下几种：
1、安装余压阀。余压阀安装简单，灵敏度高。但存在着许多缺点：长期使用后关闭不严；全闭时室内正压仍然可能低于预定值，无法控制；对于严格控制微生物污染的手术室而言，无形中又增加了一条污染通道。
2、通过差压变送器检测室内压力，然后调节新风、回风或排风量，控制较为复杂。常常会引起系统的不稳定性，在实际运行中控制效果不佳。
3、在手术室吊顶上单独设置一个排风系统，通过室内和走道间的压差信号控制排风机的启停。当压差超过设定值时，排风机开，否则停。虽然这种做法控制灵敏，但也存在着明显的缺陷。即在手术过程中有人员进出时，由于“开门效应"，房间和走道间的压差在瞬间会降为零，此时排风机应当关，但由于叶轮的惯性作用，排风机不会停转，还具有一定的抽力，有可能造成房间负压。此外，排风机频繁启停，消耗电量增大，并且易出现故障。