移植病房和洁净配套附属用房的空调负荷和洁净度要求相差较大，各房间用途和使用时间均不尽相同，而且整个建筑物空调容量较大，因此用一个系统来解决是不合理的。为使洁净空调系统既能保持室内要求参数，而又经济合理，就需要将系统分区。
洁净空调系统分区应考虑的主要因素是：温湿度参数、洁净度的等级、压力梯度、使用时间、空调设备的容量、和节能管理等。
移植病房和配套附属洁净用房的洁净空调系统应分为两个系统。 骨髓移植病房的洁净空调系统应采用一对一的独立空调系统；配套附属洁净用房的洁净空调系统，如护士站、治疗准备前室、洁净区走廊、无菌物品存放、精密仪器室等应采用共用的一个系统。
移植病房空调系统的方式，主要有两类：一类是新风处理型，由具有冷、热处理功能的新风机组和循环处理机组组成的空调系统；二是新风过滤型，由仅作三级过滤功能的新风机组和空调处理机组组成的空调系统。
1、新风处理型
新风处理型是在新风机组中对新风进行热湿处理，承担系统全部新风负荷和部分室内湿负荷，再经过循环机组处理后，达到室内要求的温湿状态。其优点是循环机组只承担部分室内冷负荷，处于干工况运行（没有凝结水的出现）；夏季可以有效避免在循环机组中因冷热抵消带来的能源浪费，可减小循环机组内冷、热盘管的容量，但其缺点是冬季新风机组内盘管在0℃以下低温时容易冻坏，存在安全隐患，所以比较适合冬季温度较高的南方地区。