集中式净化空调系统大多采用单风机系统，这是因为大多数洁净空调系统的新风量是全年固定不变的。为了维持系统内各洁净室不同洁净度所需的不同正压，采用单风机系统无论在控制上还是管理上均比较方便。只要系统新风量不变，系统内正压就有保证。另外，两台以上风机串联使用，其效率比单台风机单独使用时总要低些。同时为了节省机房面积和初投资，一般情况多采用单风机系统。
如果整个系统阻力较大，势必采用高压头风机，这时系统的噪声、漏风量也随之上升。如果系统回风管路较长，或回风道阻力较大，为使洁净室回风能回到回风箱，需增大风机风压，洁净室就容易出现正压过大。如果风机压头不够，洁净室大量回风中只有一小部分到达空调箱，大部分回风则通过各种途径逃逸。如果系统全年需要变动新风量，则单风机系统就难以保证各洁净室的合适正压值。在诸如此类的场合，通过技术经济比较，认为合理时，可在系统中增设回风机，组成双风机系统。在设计双风机时，应将送风机、回风机和排风机进行联锁控制，当系统开启时，应先起动送风机，再起动回风机和排风机；关闭时，程序相反，以避免系统出现负压。另外，须加强洁净室正压控制，因为双风机系统与单风机系统不同，送、回风通路上的压头分别由送风机和回风机担负。由于送风通路上安装有含高效过滤的三级过滤器，回风通路上为控制洁净室内正压，至多设置粗效过滤器作为阻尼层，因此在运行过程中，回风通路和送风通路上的过滤器积尘速率不同，造成送、回风通路上阻力的增加不同步，使系统原调试好的各级正压值被破坏。