浮游菌采样器是一种高效的多孔吸入式微生物采集器。如果使用不当会影响设备的设备的实验效果，在使用时应注意以下事项：
采样器不能长期接触腐蚀气体、液体；采样开始时，操作人员离开现场，以免人体上带的菌抽入。采样器应该充分清洁灭菌。如果清洁灭菌不充分，浮游细菌采样器上的细菌脱落飞扬，就有可能增加采到的细菌数量，测定结果可能出现巨大的误差。将流量调节到标准量值。气体的流量关系到采样速度。速度过大则撞击的力度也大，速度过小则撞击的力度也小，所以采样前应将流量调节到标准量值。根据细菌浓度选取采样时间。在气体中细菌的浓度固定、气体的流量固定的情况下，采样的时间越长，培养皿中细菌的密度越大；采样的时间越短，培养皿中细菌的密度越小。浮游菌采样器搬动时，应避免过大振动，以防内部损坏。被测试洁净室的温、湿度须达到规定的要求:静压差、换气次数、空气流速须控制在规定值内。对单向流测试应在净化空调系统正常运行不少于10 min;非单向流不少于30 min后开始。静态测试时，室内人员不多于2人。采样时测试人员应在采样口下风侧。测试人员应按无菌操作规程进行，须穿戴符合洁净的洁净服。采取一切措施防止采样口的污染和其它人为对样本的污染。浮游菌测试前，被测洁净室应已经过消毒。