洁净室通常采用粗效、中效和高效三级过滤（或称初级、中级和末级）。系统中的中效过滤器安装在风机的正压段，高效过滤器安装在送风末端，回风口安装中效或粗效过滤器。末级过滤器是高效过滤器的系统称为高效空气净化系统，末级过滤器是中效过滤器的系统称为中效空气净化系统。下图所示的是乱流洁净室系统的基本图示。

上图中，Nt为某时间t（min）的室内含尘浓度（粒/L）
N为室内稳定含尘浓度（粒/L）
N₀为室内原始含尘浓度，即t=0时的含尘浓度（粒/L）
V为洁净室容积（m3）
n为换气次数（次/h）
G为室内单位容积发尘量[粒/（m3.min）]
M为大气含尘浓度（粒/L）
S为 回风量对送风量之比
η1为初级过滤器（或新风过滤器组合）效率（计数效率，用小数表示）
η2为中间过滤器效率
η3为末级过滤器效率
三级过滤系统中所谓新风粗效过滤器的做法，已经实践证明，到了必要更新概念的时候了。有相关专家提出这一观点，并分别对一般空调系统、专用空调机系统和净化空调系统进行论证。这一问题的提出，是由于空调系统启动后，室内细菌浓度反而增加。热交换盘管、肋片、阀及其周边部分上滞留的凝结水，在停机期间因温度逐渐升高而蒸发形成盘管四周高湿度条件，成为适合微生物繁殖的条件，特别适合真菌的繁殖。
新风用的粗效过滤器效率太低，我国的大气尘浓度偏高，所以上述问题会更严重。后果不仅是使新风品质下降，而且由于进入系统的新风尘浓高，很快使系统中的部件堵塞，从而使新风量骤减，室内氧气比例降低，造成恶性循环。所以新的三级过滤的概念应是：新风三级过滤；中间预过滤；末端高效过滤。