分子蒸馏能够有选择地将目的产物蒸出，将其它杂质去除。通过多级分离能够将超过两种的物质同时分离出来。分子蒸馏的分馏过为物理过程，所以能够对被分离物质进行非常好的保护，使其不会受到污染和侵害。分离方法被提供来分离高沸点、热敏及易氧化物料。由于是在远远低于物料沸点的温度下对分子蒸馏进行操作，并且物料仅可以停留较短的时间。分子蒸馏能够相当有效地将如有机溶剂、臭味等物质脱除。此对于采用溶剂萃取后液体的脱溶为十分行之有效的方法。
分子蒸馏条件：
1、在大中型短程蒸馏中，冷凝器和加热表面之间的距离大概是20-50毫米，残余气体的压力是10-3豪巴时，残余气体分子的平均自由程长大概是两倍长。分子蒸馏的所有必要条件，短程蒸馏器均可以满足。
2、所有蒸汽分子在没有和其它分子遇见以及往液体返回的过程中往冷凝器表面到达。在所处的温度下使得蒸发速度所可能的zui大值达到。蒸发速度正相关于压力，所以分子蒸馏馏出相对比较小的液量。
3、残余气体必须具有非常低的分压，导致残余气体的平均自由程长度为蒸馏器和冷凝器表面之间距离的倍数。
4、当压力处于饱和状态时，蒸汽分子的平均自由程长度的数量级必须保持等于与蒸发器以及冷凝器表面之间距离，在没有任何障碍的情况下由残余气体分子中发生蒸发。
