纯水机和净水器实际上是两种不同的设备，这是由于两者采用的净水原理不一样，超纯水和净水也是有区别的。
纯水机也适合全屋系统使用，能够小水平改善家庭的水环境。纯水机将水中的任何除了水的物质去除，制造的水几乎能够视之为纯水，适合终端使用，大型的纯水机有投币机，纯水机的缺点就是产生废水。净水器适合水质比较好的地方使用，譬如乡村，那里水质好，但是水中颗粒杂质多，用净水器能够过滤掉杂质。
超纯水主要是除掉了钙、镁离子，净水器只是过滤一下杂质和异味。而这些都是人体所必须的作为补充水分的角度看，无害。但大量饮用纯真水会破坏人体与自然界临时以来形成的平衡，人体中的矿物质会透析出来，对人体不利，虽然通过食物能够补充一定的矿物质，但不能代替从水中摄取矿物质这一途径，也不能补充与自然水一样的成份。净水机是滤除水中细菌、铁锈、胶体等杂质，而保留了水中对人体有用的离子及微量元素，所以与纯净水是不同的更类似矿泉水。