从原理上来讲，离子色谱可分为离子交换色谱、离子对色谱和离子排斥色谱。

1、离子色谱分离：离子色谱仪分离主要是应用离子交换的原理，采用低交换容量的离子交换树脂来分离离子，它在离子色谱中应用较广泛，其主要填料类型为有机离子交换树脂。

2、离子对色谱：离子对色谱仪的固定相为疏水型的中性填料，用于阴离子分离的对离子是烷基胺类，如氢氧化四丁基铵、氢氧化十六烷基*烷等。用于阳离子分离的对离子是烷基磺酸类，如己烷磺酸钠、庚烷磺酸钠等。

3、离子排斥色谱：离子排斥色谱，主要根据Donnon膜排斥效应：电离组分受排斥不被保存，而弱酸则有一定保存的原理制成。离子排斥色谱主要用于分离有机酸以及无机含氧酸根，如硼酸根、碳酸根和硫酸根、有机酸等。

离子色谱仪主要是利用离子交换来进行分离的，其主要是用于环境样品的分析和检测，如：地面水、雨水、生活污水和工业废水等，通过利用离子色谱仪，能够的检测出样品中的阴、阳离子，从而对数据进行分析，来了解样品中是否含有危害人们身体健康的物质。同时，随着经济和技术的不断，离子色谱仪也开始应用于微电子工业废水和试剂杂质的检测和分析，为电子产品的质量把关，也作为高新的技术手段，受到许多厂家的青睐。