离子色谱的分离机理主要是离子交换，有3种分离方式：离子交换色谱（HPIC）、离子排斥色谱（HPIEC）和离子对色谱（MPIC）。用于3种分离方式的柱填料的树脂骨架基本都是苯乙烯-二乙烯基苯的共聚物，但树脂的离子交换功能基和容量各不相同。HPIC用低容量的离子交换树脂，离子色谱用高容量的树脂，MPIC用不含离子交换基团的多孔树脂。离子对色谱的主要分离机理是吸附与分配。固定相常用的低极性的十八烷基或八烷基键合硅胶。通过在流动相中加入一种与溶质离子带相反电荷的离子对试剂，使之与溶质离子形成中性的疏水性化合物。离子色谱基本上可采用通常的反相液相色谱的分离体系。
　　
　　离子色谱的分析原理决定了它的淋洗液一般是酸、碱、盐或络合物的水溶液，因此整个输液系统必须耐酸、碱，在整个流路系统中必须考虑使用非金属材料，这就是与液相色谱金属输液系统明显的不同点。首先淋洗液储液瓶，储液瓶一般采用“HDPE”(中文名称为高密度聚乙烯）材料组成，该瓶必须具有一定的耐压防爆能力以及良好的耐化学药品性。在色谱的流路系统中尽可能采用上述材料的储液瓶，尽量少用玻璃瓶，基本上不使用聚氯乙烯材料制成的储液瓶，因为聚氯乙烯塑料瓶在使用过程中会溶解出微量的C1-，特别在痕量分析过程中会干扰C1-的分析。离子色谱的检测器分为两大类，即电化学检测器和光学检测器。随着色谱的广泛应用，色谱的检测技术已由单一的化学抑制型电导法发展为包括电化学光化学和与其他多种分析仪器联用的方法。
　　
　　离子色谱的优点
　　
　　1、快速、方便：一般而言，IC分析一个样品平均只需约10min。对几种常见阴离子和阳离子的平均分析时间可小于8min。
　　
　　2、灵敏度高：离子色谱分析的浓度范围为几μg／L（1～10μg／L）至数百mg／L。直接进样（25μL），电导检测，对常见阴离子的检出限小于10μg／L。
　　
　　3、选择性好：IC法分析无机和有机阴、阳离子的选择性可通过选择恰当的分离方式、分离柱和检测方法来达到。
　　
　　4、多离子同时分析：在20min左右时间内，实现10个以上离子的同时分离已是一件很容易的事。含量相差数百倍或上千倍的不同离子也可一次进样同时定量。
　　
　　5、分离柱的稳定性好：IC柱填料的高pH值稳定性允许用强酸或强碱作淋洗液，有利于扩大应用范围。