在离子色谱仪的使用过程中，使用者应时刻注重设备的维护与清洗，那样才能设备运行的性以及稳定性，一般来说，在对离子色谱仪进行清洗过程中可以分为以下几个步骤：仪器内部的吹扫和清洁、电路板的维护和清洁以及进样口的清洗，其中：
　　
　　1、仪器内部的吹扫和清洁
　　
　　使用完离子色谱仪之后，可以打开色谱仪的侧面和后面面板，用空气或氮气对内部灰尘进行吹扫，如发现积尘较多或不容易吹扫的地方请使用软毛刷配合处理。此外，对于内部存在有机物污染的地方使用者可以选择用水或有机溶剂进行擦洗，对于水溶性有机物可以先用水进行擦拭,对不能清洁的地方可以再用有机溶剂进行处理,对非水溶性或可能与水发生化学反应的有机物用不与之发生反应的有机溶剂进行清洁。
　　
　　2、离子色谱仪进样口的清洗
　　
　　对于离子色谱仪进样口的清洗包括以下几点：首先可以先从仪器中小心取出玻璃衬管，并使用镊子或其他小工具小心移去衬管内的玻璃毛和其它杂质，在这个过程中请勿划伤衬管表面，然后再将初步清理过的玻璃衬管在有机溶剂中用声波进行清洗烘干后使用，也可以用有机溶剂直接清洗，干燥后即可使用，分流平板是在溶剂中声处理，烘干后使用，也可以从进样口取出分流平板后，先采用甲苯等惰性溶剂清洗，再用甲醇等醇类溶剂进行清洗，烘干后使用。
　　
　　3、电路板的维护
　　
　　在对离子色谱仪进行电路板的维护时，首先要确保电源已切断，然后再使用空气或氮气对电路板和电路板插槽进行吹扫，并配合软毛刷配合对电路板和插槽中灰尘较多的部分进行仔细清理，在此过程中，使用者应戴手套防止静电或手上的汗渍等对电路板上的部分元件造成影响。