离子色谱仪采用低交换容量的离子交换树脂来分离离子，这在离子色谱中应用较广泛，其主要填料类型为有机离子交换树脂，以苯乙烯二乙烯苯共聚体为骨架，在苯环上引入磺酸基，形成强酸型阳离子交换树脂，引入叔胺基而成季胺型强碱性阴离子交换树脂，此离子色谱仪具有大孔或薄壳型或多孔表面层型的物理结构，以便于快速达到交换平衡，离子交换树脂耐酸碱可在任何pH范围内使用，易再生处理、使用寿命长。
离子色谱仪工作流程，大概流程，高压将流动相以稳定的流速输送至分析体系，在色谱仪之前通过进样器将样品导入，流动相将样品带入色谱仪，在色谱仪中各组分被分离，并依次随流动相流至检测器。抑制型离子色谱则在电导检测器之前增加一个抑制系统，即用另一个高压将再生液输送到抑制器。在抑制器中，流动相背景电导被降低，然后将流动出物导入电导池，检测到的信号送至数据处理系统记录、处理或保存。非抑制型离子色谱仪不用抑制器和输送再生液的高压泵，因此离子色谱仪结构相对比较简单，价格也相对比较便宜。
离子色谱仪保存操作，如果流动相含有酸或无机盐，应当先用去离子水。冲洗干净。然后用用乙腈或甲醇保存色谱柱。较后用柱子的接头密封，并放在稳定的环境中存放。应避免色谱柱受到直接的机械冲击或摔落，避免造成色谱柱性能的降低。色谱柱的再生，用相当于20倍柱体积的溶剂按下列顺序冲洗柱子，建议按柱子的箭头方向冲洗，尽可能不反冲。冲洗时使用的的参考溶剂顺序是水、甲醇、氯仿、异丙醇。
