色谱分离柱长时间使用后，造成柱入口树脂损失，使死体积增大，分离度降低；长时间未使用的色谱分离柱树脂床进入空气会使树脂产生沟流，造成分离度降低，同时造成离子色谱峰分叉。这些现象均造成定量结果的误差。因此，离子色谱峰形一旦有变化，就要重新绘制标准曲线。
在离子色谱分析中，某一时间段内稳定的保留时间是使用校准曲线法定量的前提，但是在实际分析过程中往往会发生系统漏液、有气泡使泵流速不平稳、系统压力发生变化以及柱子被污染等情况。从而造成保留时间及峰面积和峰高的变化。
色谱分离柱是离子色谱仪的核心部件之一，样品中各种离子的分离是在分离柱中完成的，分离性能很大程度上取决于分离柱的分离效率。因此，色谱分离柱的保养异常重要。
1）分离柱的保养
柱在任何情况下不能碰撞、弯曲或强烈震动。实际样品在测定时要经过预处理。分析样品中不应含悬浮物、 有机物、 重金属离子等。分离柱怕细菌、腐植酸、可溶性硅，所以使用的水必须是蒸馏水，切不可使用电渗析水。若短期不使用，应隔5-6天开机通水一次，维护分离柱的性能;若不使用时，按照厂家的说明充液，并封闭保存。
2）分离柱的死体积
分离柱两端的死体积会引起峰变宽或分裂(出现双峰)。常用玻璃细珠(直径小于100um)填充分离柱，以改善分离效率。
3）分离柱的再生
如果色谱分离柱的分离性能退化，可依据厂家的说明再生分离柱。而对于填料为硅胶的分离柱，必须用pH2-7的溶液再生，否则，分离柱会受损。
