离子色谱仪的色谱柱是色谱分析系统中非常的关键的核心部件，它的作用是使得样品内部成分以不同的速率通过色谱柱，而让检测器检测通过色谱柱成分的各个不同色谱峰，终确定其成分。
随着离子色谱技术的发展，新的分析设备和分离手段不断出现，逐渐发展到分析生物样品中的某些复杂的离子，目前离子色谱仪较成熟的应用包括：
1、无机阴离子的检测
无机阴离子是发展较早，也是目前成熟的离子色谱检测方法，包括水相样品中的氟、氯、溴等卤素阴离子、硫酸根、硫代硫酸根、氰根等阴离子，可广泛应用于饮用水水质检测、啤酒、饮料等食品的安全、废水排放达标检测、冶金工艺水样、石油工业样品等工业制品的质量控制。特别由于卤素离子在电子工业中的残留受到越来越严格的限制，因此离子色谱仪被广泛的应用到无卤素分析等重要工艺控制部门。
无机阴离子交换柱通常采用带有季胺功能团的交联树脂或其他具有类似性质的物质。常用的淋洗液为Na2CO3和NaHCO3按一定比例配置成的稀溶液，改变淋洗液的组成比例和浓度，可控制不同阴离子的保留时间和出峰顺序。
2、无机阳离子的检测
无机阳离子的检测和阴离子检测的原理类似，所不同的是采用了磺酸基阳离子交换柱，如MetrosepC1，C2-150等，常用的淋洗液系统如酒石酸/二甲基吡啶酸系统，可有效分析水相样品中的Li，Na，NH4+，K，Ca，Mg等离子。
3、有机阴离子和阳离子分析
1）生物胺的检测
MetrosepC1分离柱；2.5mM硝酸/10%丙酮淋洗液;3µL进样，可有效分析腐胺、组胺、尸胺等成分，已经成为刑事系统和法医学的重要检测手段。
2）有机酸的检测
MetrosepOrganicAcids分离柱，MSM抑制器；0.5mMH2SO4作为淋洗液，可有效分析包括乳酸、甲酸、乙酸、丙酸、丁酸、异丁酸、戊酸、异戊酸、苹果酸、柠檬酸等各种有机酸成分，在微生物发酵工业、食品工业都是简便有效的分离方法。
3）糖类分析
目前已经开发出各种糖类的分析手段，包括葡萄糖、乳糖、木糖、阿拉伯糖、蔗糖等多种糖类分析方法。
