离子色谱在环境保护行业有着非常重要的应用，比如：地面水、饮用水、雨水、生活污水和工业企业废水、酸沉降物和大气颗粒物等样品中的阴、阳离子等。
*，在水质分析监测中，检测工作者常应用电导和紫外检测器测定饮用水中的阴、阳离子和消毒剂的副产品，离子色谱仪由于能够同时分析检测多种离子化合物而被普遍应用。举例来说：高容量的阴离子分离柱，可在 阴离子的共存的情况下，一次进样分别检测出多种含氧卤素和另外的常见阴离子。可以这么说，离子色谱法是水质检测领域更便捷的办法之一。
近几年来，无机阴离子是较成熟的离子色谱检测办法，除此之外另有无机阳离子的检测、无机阴离子和阳离子检测等。伴随着离子色谱技术的，新的分析技术和检测装备已连续出现，只要很短的时间就可获得阴、阳离子和样品构成的整体信息，为人民的生命安全带来了可靠。同时，随着对环境水质的检测要求越来越高，离子色谱检测方法也获得更多的普及和推广，尤其是在一些水质环境较严峻的地域，通过色谱检测这一方法来实时监测水质环境，可迅速杜绝不安全的饮水事件的发生，进而为水质检测领域提供技术保障。
在离子色谱技术产生早期，特别重要的应用是对环境样品的分析检测，其中包含环境样品中各类阴、阳离子的定性、定量分析，例如：Cl- 、NO2-、Br- 、NO3-、PO43-、SO42-等阴离子和Li+ 、Na+ 、NH4+、K+、Mg2+ 、Ca2+ 等阳离子的分析。现如今，我国各级环境监测机构已普遍将离子色谱法用于酸雨及湿沉降的测定。与其他办法相比，离子色谱法分析检测大气污染物样品中的阴、阳离子更简单、更。
另外，随着离子色谱仪的日臻完善，其在环境领域中的使用范围在渐渐拓展。除了分析常见阴，阳离子外，过渡金属、极性有机物等净化物的分析检测也有大批新闻报道。据了解，有专业人士总结了近年来离子色谱在环境分析检测领域中的新的应用情况，并对离子色谱在大气、水、土壤、植物和沉积物等环境样品中的应用及样品前处理作了深入剖析。据介绍，离子色谱对某些特定污染物价态分析中也具备明显的优势。
