色谱分离柱长时间使用后，造成柱入口树脂损失，使死体积增大，分离度降低；长时间未使用的色谱分离柱树脂床进入空气会使树脂产生沟流，造成分离度降低，同时造成离子色谱峰分叉。这些现象均造成定量结果的误差。因此，离子色谱峰形一旦有变化，就要重新绘制标准曲线。
色谱分离柱是指离子交换色谱中的固定相中的一些带电荷的基团，这些带电基团通过静电相互作用与带相反电荷的离子结合。如果流动相中存在其他带相反电荷的离子，按照质量作用定律，这些离子将与结合在固定相上的反离子进行交换。
色谱分离柱是蛋白纯化技术中常用的一种纯化方法，其原理是指被分离物质所带的电荷可与离子交换剂所带的相反电荷结合，这种带电分子与固定相之间的结合作用是可逆的，在改变pH或者用逐渐增加离子强度的缓冲液洗脱时，离子交换剂上结合的物质可与洗脱液中的离子发生交换而被洗脱到溶液中。由于不同物质的电荷不同，其与离子交换剂的结合能力也不同，所以被洗脱到溶液中的顺序也不同，从而被分离出来。
色谱分离柱的再生方法有两种：
（1）先用25ml蒸馏水通过柱子以除去缓冲盐类，再用25ml甲醇冲洗，以除去由于分配效应而残存在骨架中的杂质，再用25ml蒸馏水除去不溶于甲醇的残存盐类，后用缓冲液平衡。
（2）先用0.1mol/L的柠檬酸洗涤，然后用水洗涤（不要用碱性溶液，以防硅胶基质溶解），后用缓冲液平衡。
