双系统离子色谱仪一般采用酸、碱及盐的水溶液作为流动相，因此通常离子色谱采用非金属材料作为整个系统材料，一般采用塑料作为泵体、流路和阀体等要求耐高压的部分，而聚四氟乙烯材料作为检测器，外接管路等，要求系统可以耐酸、耐碱，但一般情况下全塑的材料由于加工和强度方面的差异，耐压强度和精度上比金属材料要略低一些。而高效液相色谱由于一般采用有机溶剂作淋洗液，因此多数还是采用金属泵体，可以耐任何类型的有机溶剂，但对于酸或碱的溶剂，使用易产生腐蚀现象。而随着高效液相色谱在生物领域的广泛应用，金属对一些生物活性化合有一定的吸附作用，一些在生物方面应用高效液相色谱也广泛采用了材料作为泵体、流路和阀，使双系统离子色谱仪和高效液相色谱具有了一定的通用性。
 

　　目前双系统离子色谱仪应用较多的是往复柱塞泵，只有低压离子色谱采用蠕动泵，但蠕动泵所能承受的压力太小，实际操作过程中会出现问题。
 

　　由于往复柱塞泵的柱塞往复运动频率较高，所以对密封环的耐磨性及单向阀的刚性和精度要求都很高。密封环一般采用聚四氟乙烯添加剂材料制造，单向阀的球、阀座及柱塞则用人造宝石材料。
 

　　一般来说，双柱塞流量更平稳，脉动小，但构造复杂，价格也比较高。
 

　　双系统离子色谱仪采用不锈钢或钛合金材料，与液相色谱相比，离子色谱的泵体则采用全塑系统，从而对酸、碱、盐有抗污染的性能，并保证了对金属离子测定的准确性。
 

　　1.单柱塞泵
 

　　单柱塞泵的压力和流量波动大。采取一些必要的措施如增加阻尼器，对凸轮形状作特别设计以及利用的电子技术也可获得满意的结果。早期的离子色谱和一些简易型离子色谱仪常采用单柱塞泵系统。
 

　　2.双柱塞泵
 

　　双柱塞泵即两个泵头并联使用，凸轮相差180°，使压力和流量波动减少。因此这种双柱塞泵可以不加阻尼器直接进入分离系统，可以进行低压梯度淋洗。如今大多数离子色谱仪均已经采用双柱塞泵。