分子蒸馏仪是一种特殊的液-液分离技术，它不同于传统蒸馏依靠沸点差分离的原理。这是一种在高真空度下利用不同物质分子运动自由程的差别，对热敏性物质或者是高沸点物质进行蒸馏和纯化的过程。主要应用在化学、医药、石化、香料、塑料以及油料等工业领域.该系统还可用于从工业废液中回收有机溶剂的工艺。分子蒸馏四个过程：
1、分子从液相主体向蒸发表面扩散：通常，液相中的扩散速度是控制分子蒸馏速度的主要因素，所以应尽量减薄液层厚度及强化液层的流动。
2、分子在液层表面上的自由蒸发：蒸发速度随着温度的升高而上升，但分离因素有时却随着温度的升高而降低，所以，应以被加工物质的热稳定性为前提，选择经济合理的蒸馏温度。
3、分子从蒸发表面向冷凝面飞射：蒸汽分子从蒸发面向冷凝面飞射的过程中，可能彼此相互碰撞，也可能和残存于两面之间的空气分子发生碰撞。由于蒸发分子远重于空气分子，且大都具有相同的运动方向，所以它们自身碰撞对飞射方向和蒸发速度影响不大。而残气分子在两面间呈杂乱无章的热运动状态，故残气分子数目的多少是影响飞射方向和蒸发速度的主要因素。
4、分子在冷凝面上冷凝：只要保证冷热两面间有足够的温度差，冷凝表面的形式合理且光滑则认为冷凝步骤可以在瞬间完成，所以选择合理冷凝器的形式相当重要(分子蒸馏仪)在刮板薄膜蒸发器的内部精确设计了内置冷凝器，精密制造的转子部件能在0.001mbar高真空下稳定运行，从而真正实现分子蒸馏原理。
