微波萃取也是近十年来发展的一种新方法。
微波萃取的原理是基于微波加热的方法。样品中极性分子的偶极矩在髙频电磁波辐射的可变能量场作用下发生快速振动运动，从而在样品内部产生大最的摩擦热量下进行萃取。
微波萃取的优点是快速并賦予样品低的热应力，这对热稳定性低的样品萃取是有利的。
微波萃取要求极性溶剂，所以需要用非极性溶剂进行萃取的场合也同样要通过一种改性剂或者使用混合溶剂来实施萃取。影响萃取效果的因素是溶剂的选择、萃取的时间、微波的能量等，尤其样品中的含水量对萃取有较大的影响。采用一次萃取或者是多次萃取则取决于具体的实验情况，例如长时间的微波作用是否会使温度过高导致溶剂起沸或者导致萃取管压力升高产生负面影响。不过，在大多数情况中多次微波辐射的方法取得较好的效果。
微波萃取的装置与早期微波消解的设备是相同的。早期的微波消解用于无机分析，它是在有机物质存在的情况下利用消解去除有机物的干扰，以便准确地进行无机元素的定量分析。
不过，除消解外这一装置还可进行萃取、蛋白质水解、浓缩、干燥、化学反应等操作。利用这一装置进行微波水解蛋白质，可以使被检测目标物易从蛋白质中解离，从而提高目标物的萃取量。
萃取管是密封的，它的萃取效率明显优于开放式的萃取管。为了提高萃取的效果，还可以加上超声功能，以超声波的作用代替机械搅拌，据称能明显提高萃取量。
