智能集菌仪是一次性试用全封闭集菌仪过滤培养器的配套产品，供试品通过智能集菌仪的定向蠕动加压原理，通过0.45或0.22的滤膜过滤，将供试品中的细菌裁留在滤器当中的滤膜上，通过冲洗滤膜出去抑菌成分．然后把所需要的培养基通过进样管直接引入集菌培养器中，放置在培养箱内进行无菌培养。
1、取出一次性培养器先检查包装是否完好无损，在无菌室内打开包装。
2、将一次性培养器逐个插放在不锈钢排液槽上。
3、将一次性培养器的弹性软管装入集菌仪的蠕动泵头，要求定位准确，软管走势顺畅。
4、打开待检供试品瓶（袋）的插针孔并做环形消毒，（若检测安瓶样品，先将安瓶颈部做环形消毒，然后再打开）将样品瓶（袋）定位。
5、拔去进样针管护套，针头和供试品瓶口过酒精灯火焰消毒，插入样品瓶中，开启集菌仪，将供试品瓶倒置，实施过滤集菌（应避免双芯针管进气滤膜被药液浸湿，影响进气；若样品为袋装不存在该问题）重复操作每个样品的过滤程序。
6、完成集菌后，若样品具有抑菌作用或含防腐剂（按抑菌性样品的sop进行操作）
7、启开已灭菌好的培养基瓶，将针头和培养基瓶口过酒精灯火焰消毒，针头插入培养基瓶中。
8、摘下一次性培养器顶部空气滤器开口的胶塞，套在一次性培养器
的底口上，用软管夹子依次开闭软管，开启集菌仪，将培养基泵注入的培养器内。（先取两个夹子夹住弹性软管定位处的两根管子，先加入改良马丁培养基；再取另外一个夹子夹住另外一根管子，并拔去先前的两个夹子，加入硫乙醇酸盐流体培养基）。
9、用夹子夹闭与一次性培养器连接部的软管，留出5-6cm软管，剪除其余部分，并将开口端插在空气滤器的开口上。
10、分别按照药典规定的培养时间进行培养。
11、观察培养情况，若需取样分离培养，可将软管消毒，用插入软管抽取所需量做进一步检查。