全自动均质器一般采用304或316不锈钢系统（大部分采用304），可以有效分离防护体样品表面和其中所含微生物的均匀样品。样品包装在一次性无菌均质袋中不与仪器接触，具有均质温和、无污染、无损伤、无温升、无需清洗器皿等特点，满足快速、准确、重复性好的要求。也适用于肿瘤组织的匀浆，可以获得大量的单细胞。如有必要，可通过延长匀浆时间轻轻破碎组织细胞。
全自动均质器的工作原理是将原样（大的需要切成10×10mm左右的块），放入装有一定液体或溶剂的均质袋中，通过无菌均质机的锤击板反复锤击样品均质袋，产生压力，引起振荡，加速混合，使溶液中微生物成分分布均匀。存放原始样品材料和溶剂的均质袋由特殊材料制成并经过无菌处理（已打开的均质袋用户应再次处理以确保无菌），并通过均质器门的上缘、横杆夹紧密封，避免在锤击板锤击过程中溶液溢出。均质机的拍板不断地敲击均质袋，产生的压力可以将袋内的样品压碎并混合。均质速度可编程设置，每段可设置为3~12次/秒。每段均质时间可设置为1秒至100分钟或连续运行，用户可根据样品和溶剂条件进行合理选择。
全自动均质器的主要操作步骤如下：
1、准备好预处理好的样品，放入无菌均质袋中；
2、打开均质机的门，关闭无菌均质袋的开口夹住时间（自动）；
3、设置拍打速度、拍打时间等程序；
4、开始自动工作；均质完成后，打开料仓门取出处理好的样品。至此，工作完成。
