菌落总数测定是用来判定食品被细菌污染的程度及卫生质量，它反映食品在生产过程中是否符合卫生要求，以便对被检样品做出适当的卫生学评价。菌落总数的多少在一定程度上标志着食品卫生质量的优劣。
菌落计数器由触控平板电脑、自动对焦彩色拍摄仪、自动菌落计数软件、背光成像装置组成。主要用于微生物、菌落总数的自动计数分析，快速有效替代半自动计数菌落的落后工作方式。
1、到达规定培养时间，应立即计数。如果不能立即计数，应将平板放置于0-4℃，但不得超过24h。
2、计数时应选取菌落数在30-300CFU之间的平板，若有二个稀释度均在30-300CFU之间时，按国家标准方法要求应以二者比值决定，比值小于或等于2取平均数，比值大于2则其较小数字（有的规定不考虑其比值大小，均以平均数报告）。
3、若所有稀释度均不在计数区间。如均大于300CFU，则取高稀释度的平均菌落数乘以稀释倍数报告之。如均小于30CFU，则以低稀释度的平均菌落数乘稀释倍数报告之。如菌落数有的大于300CFU，有的又小于30CFU，但均不在30-300CFU之间，则应以接近300CFU或30CFU的平均菌落数乘以稀释倍数报告之。如所有稀释度均无菌落生长，则应按小于1乘以低稀释倍数报告之。有的规定对上述几种情况计算出的菌落数按估算值报告。
4、不同稀释度的菌落数应与稀释倍数成反比（同一稀释度的二个平板的菌落数应基本接近），即稀释倍数愈高菌落数愈少，稀释倍数愈低菌落数愈多。如出现逆反现象，则应视为检验中的差错（有的食品有时可能出现逆反现象，如酸性饮料等），不应作为检样计数报告的依据。
