菌落计数仪因其使用的自动化程度高、分析结果可核对、样品信息可留存等，已逐渐被越来越多的科研院所、卫生疾控部分所喜爱。全自动菌落计数仪采用成像分析法实现自动计数，即由成像硬件+分析软件所组成。
    菌落计数仪的成像硬件用于获得清晰有效的菌落图像，以便分析计数。成像硬件有拍照成像、扫描成像。由CMOS加摄像头拍照成像的优点是：成像速度快，能展现培养基表层和深层的细微菌落。确保在0.5秒内获得菌落图像。由单反相机、卡片机拍照成像的优点是：能自动对焦、且像素分辨率一般更高，但其成像需要3～4秒的时间。
    扫描成像与在灯箱中营造均匀面光源不同，是将线光源通过移动变成面光源的，光线强度相对比较均匀，其均匀度通常比拍照灯箱的面光源要高一个数量级，从成像硬件的上解决了菌落目标的亮度不匀问题，但扫描只是平面的效果，不能展现培养基表层和深层的细微菌落，且不能展现菌落颜色等多方面的情况，对于观察分析而言构成了一定难度。
    菌落计数仪的分析软件是另一块核心成分。因为菌落生物的存在多样性，在培养基上的表现或显像不可能大体一致，针对这类变化，在分析软件选型上要考虑，市场上的一些产品的软件功能主要有一下几个方面：
    图像处理：图像调节(灰度图、负相图转换、对比度、RGB分割...)、图像增强...
    图像编辑：文字嵌入、图形嵌入。
    统计功能：菌落智能识别技术（很重要）、区域选择统计、直径分类统计、鼠标单击计数、颜色识别统计、人工计数修正、排除污染区域计数、自动换算功能、自动杂质剔除、粘连菌落分割、菌落形态学分析、多通道分割...
    测量功能：自动分析菌落直径、面积等测量长度、角度、面积等。
    数据管理：数据自动存储、查询、Excel导出报表打印、数据库权限设置。
    功能：抑菌圈测量、纸片法药敏分析、多培养皿统计、螺旋平皿统计。