藻类对生态系统的平衡起着至关重要的作用，且其生命力很强，分布也十分广泛，江河、湖泊、水库、小溪、池塘、积水坑、沼泽、冰雪、温泉、土壤、岩石、树皮、墙壁乃至花盆外壁上，都有它们的踪迹。它是水体初级生产力的主要组成部分。除此之外，藻类在许多领域都有广泛的应用，如水质检测和赤潮预报等，这些应用都离不开对藻类的鉴定工作。
常见的藻类鉴定需要观察定量样品的特征及生长情况，根据细胞中色素的成分和含量及其同化产物、藻丝、鞭毛长度和生殖方法等，鉴定工作繁琐复杂；现有的观察存在以下问题：
1.藻类无照片保存，再现存在非常大的困难(特别是含量较少且一时难以鉴定的藻种)，这影响了藻类鉴定的准确性；
2.藻种较多时，不可避免会出现重复劳动(例如忘了当前的藻种是否已出现过，需要查书)，耗时长，对于新手要分辨100个左右的藻种还是有点困难的；工作量大，容易使人员疲劳和出错，耗时长。
传统的藻类鉴定对比方法有以上这些问题，而现在，主要使用藻类鉴定仪，该仪器的出现则可以较好地解决以上问题，使得复杂的藻类鉴定试验变得简单。藻类鉴定仪主要用于生态学调查、渔业、水产养殖、教育等行业，对水体中的藻类和浮游动物样品做自动分类计数、大小测量、种类分类以及生物量测定。
