1932年德国柏林工科大学的年轻研究员卢斯卡想到利用电子束进行成像并制成了一台电子显微镜，50多年后终于得到科学界的认可并因此获得了诺贝尔奖。电子显微镜的发明为人类探索微观世界开启了一扇大门。
　　目前电子显微镜主要应用的两个领域是材料科学和生命科学。在材料科学领域主要是进行材料原子水平的结构与成份分析，需要超高分辨率的电子显微镜和原位分析技术；在生命科学主要研究细胞、病毒、生化物质定位、生物大分子等，需要中等分辨率的电子显微镜和专门的样品制备技术。近年发展的高分辨冷冻电镜三位重构技术，将电镜在生命科学研究的应用推到了一个崭新的高度。
　   随着近几年高校科研发展及企业的升级改造，电子显微镜这类大型仪器数量也开始逐渐多起来了，有了设备之后，具体的应用方法也是一个很大问题，电镜中心在分析测试方法方面也做了很多努力。这些应用不仅仅是材料领域，还有一些是在生命科学领域。，近年来各种病毒如、（H5N1）病毒、以及目前正在蔓延的甲型H7N9型病毒等不断威胁着人类的健康和生命。人类在抗病毒过程中关键要研究病毒、了解病毒，才能够采取进一步应对措施；电子显微镜是目前研究病毒的工具。