反渗透系统通常包含预处理设备、反渗透设备和后处理设备，设置预处理部分的主要目的是调整原水的水质使其符合反渗透系统的进水水质要求，后处理的主要目的有两个，一是调节反渗透的产水成分使其符合使用目的，二是使浓水符合排放标准。在设计反渗透系统时，正确掌握原水水质和对产水的要求是最基本的要素，对各个装置的设计进行优化组合是保证系统的正常运行的重要环节。
在反渗透系统的设计中，绿健水处理公司都是以以下几点为标准： （1）、膜元件型号的选择； （2）、水通量选择（单位膜面积的产水量，GFD/LMH）； （3）、回收率 一般尽可能设计高的回收率，这样可以降低供给水的量，减少预处理的成本。但是，系统的回收率设计高时会有以下的因素需要考虑： ●结垢的风险增大，需要添加阻垢剂； ●产水的水质下降； ●运行操作压力增高，泵和相关设备的费用增加 不过不管怎么设计配置，产水量和回收率的设计一定要符合安全的标准。
