当被测物质与弱极性色谱柱固定液的极性之间存在较大差异而手中又无适宜的色谱柱时，在有些情况下是可以通过使用化学结构与极性尽可能与被测物质接近的色谱柱、合理的样品处理、选用色谱条件、采用程序升温等措施达到较好分离的目的。
要做合适的选择，必须对弱极性色谱柱有一定的认识和了解：
柱长，内径，如250*4.6mm。一般柱长在2-250mm，柱越长，分离度越高，但柱压更高，分离所需时间更长;但分离度与理论塔板数的平方根成正比，所以一昧增加柱长并不是有效的分离手段，一般情况下，150mm、5um的填料可以提供足够的塔板数。
粒径，影响色谱分离度。粒径越小，分离越快，柱效越高，但柱压力越高，柱容易被污染，导致柱寿命降低。常见分析柱通常使用5um填料，复杂的多组分样品分离一般使用3.5um粒径，更大内径的制备色谱柱通常使用更大的粒径。如果固定相选择是正确，但是分离度不够，那么选用更小的粒度的填料是很有用的。3.5um填料填充柱的柱效比相同条件下的5um填料的柱效提高近30%;然而，3.5um的色谱柱的背压却是5um的2倍，因此如何选择填料粒径需要根据现实情况而定。
孔径，60A，100A，120A，300A等。孔径小，则含孔率高，比表面积大，载碳量高;色谱柱填料孔径大小需和分子大小相匹配，保证分子自由进出填料孔并与孔内表面的键合相进行分离分配，通常要求孔径直径是分子直径的3倍以上，一般小分子使用80-120A，大分子使用300A。
颗粒形状，一般有球形和不规则形，当使用黏度较大的流动相时，球形颗粒可以降低柱压，延长色谱柱寿命。
比表面积，指的是每克填料的表面积，如180m2/g-350m2/g，与粒度和含孔率有关；比表面积大，会增加样品与键合相之间的反应，增加保留和分离度；比表面积小则可以缩短分析时间和平衡时间，并不是比表面积大或者小就更好，需要选择合适的比表面积。
