毛细管色谱柱是目前气相色谱中用到相对较多的色谱柱，可以说是气相色谱分离的核心。一根色谱柱的规格描述包括其固定相的种类和内外部尺寸(柱内径、长度和膜厚等)。不同规格的色谱柱，对样品的分离结果影响也不尽相同，如样品分离的洗脱顺序、保留时间、分离度和峰形/峰高等。另外，在实际分析应用中，色谱柱的性能指标，如惰性、塔板数和柱流失率等，同样会严重影响到样品的分离效果。
毛细管色谱柱的选择方法：
理论上讲，选择固定相遵循相似性原则，即：用非极性固定相分析非极性物质，用极性固定相分析极性物质，用含芳香基团的固定相分析芳香族化合物。在填充柱时代，这个想法是非常正确的，因为那个时候，分离度是首先需要把握的关键因素，分不开，就没办法想其它。它的理由在于塔板理论的推论，即：组分在固定相中有越大的溶解度差异，就会产生越大的分离度。
但是在毛细管色谱时代，分离度不再始终是分析的问题。毛细管具有几十万块塔板，如此大的柱效率，以至于不再需要充分考虑分离问题了。这个时候，样品兼容性、使用温度、稳定性、柱流失情况等，都可能成为选择的主要理由。
例如分析甲醇乙醇丙醇等低级醇类，正常应选择wax类高极性色谱柱。但是在杂质较少的情况下，选择DB-1这样的非极性柱具有更高的灵活性和使用寿命。
如果我们不考虑对样品选择性和检测灵敏度的影响，那么就使用检测器低响应固定相的色谱柱。比如说含氰基的固定相，像1301、1701、624等这样的色谱柱就尽量不要与NPD(氮磷检测器)连用。对于超低流失的固定相，如-1MS或-5MS的柱子，因为它们可以保证检测基线和噪声水平，所以在做低或超低检测限样品时，超低流失色谱柱是的选择。
