成像硬件用于获得清晰有效的菌落图像，以便分析计数。现今的成像硬件有拍照成像、扫描成像。由CMOS加摄像头拍照成像的优点是：成像速度快，能展现培养基表层和深层的细微菌落。确保在0.5秒内获得菌落图像。由单反相机、卡片机拍照成像的优点是：能自动对焦、且像素分辨率一般更高，但其成像需要3～4秒的时间。拍照成像的菌落表面颜色、皱折、凹陷较真实。其弱点是：成像环境中的光线强度，无论是暗视野，还是背光，因光照面到平皿中部、边部的距离远近不同，导致平皿面上各点的亮度不一致。若要选购拍照成像的，其分析软件就一定要具有背景矫正功能，以便自动改善成像的效果。扫描成像与拍照灯箱的营造均匀面光源不同，是将线光源通过移动变成面光源的，光线强度相对比较均匀，其均匀度通常比拍照灯箱的面光源要高一个数量级，扫描成像从成像硬件这个根本上解决了菌落目标的亮度不匀问题，然而其在菌落表面颜色的表现上逊于从平皿正面的拍照成像。以300dpi分辨率（3482×2396像素成像）扫描6个90mm直径平皿的速度，暗视野成像约12秒、背光成像约20秒，就其成像速度而言，与单反相机、卡片机拍照成像的速度相当。

分析软件是全自动菌落计数仪的另一块核心成分。因为菌落生物的存在多样性，在培养基上的表现或显像不可能大体一致，针对这类变化，在分析软件选型上要考虑，现在市场上一些产品的软件功能主要有一下几个方面：

现在科研、质检部门对于菌落仪的要求也越来越高，上述软件功能应该能够满足现在客户的需要，但是对与一些特殊实验应用面来说，在功能上还有待加强。除软件功能，另外一点也不得不提，那就是操作。现在越来越讲究人机结合的舒适性，讲究产品功能的强大和操作的简单化成反比。对用用户来说才算是真正解放。

全自动菌落计数仪就是为了减轻工作人员工作强度的，在现今的高技术下，若还需要估算才能测出菌落数的话，应是比较落后了。是：能“不变应变”精准、稳定地傻瓜式操作的分析软件，其对于菌落形态和样品状态的不确定性，能够自动适应，以避免不断地调节菌落分割参数，其最多由对话交互来擦除那些个污染部分，即可。