1、人工擦拭法：即人用洁净室擦布和纯水对洁净室的地、墙、顶以及家具和设备表面进行擦拭。这种清扫方法较为*。
2、分散式真空吸尘法：一般此方法只适用于低级别（1000级、10000级、100,000级）乱流洁净室。方法简单、灵活、方便，每天下班后均可采用此方法清扫。但由于移动式真空吸尘器内的圆筒形过滤器的效率比较低（≥99.5%，≥0.5µm），因此不适用在别的洁净室。一般情况500 m²洁净室可设两台吸尘器，每增加500 m²增加一台，zui多不超过10台。
3、集中式真空吸尘法：集中式真空吸尘是一个由吸尘口、管网、集中吸尘泵、除尘器组成的系统。吸尘泵和除尘器设在专门的机房内，因噪声极大，机房不但要远离厂房和办公区，而且还要适当地作隔声消声处理。吸尘泵应有备用不应少于2台。系统的管道宜用无缝钢管焊接联接暗装敷设。其弯头曲率半径为4 ~ 6d煨弯不得折皱，三通夹角要小于45º，不应有四通（可由2个三通组合），水平管道的坡度为3‰，坡向立管和吸尘点，拐弯处宜设清扫口。系统末端为吸尘口，平时有盖密封，使用时开盖插入吸尘软管进行吸尘。一般吸尘软管作用半径为8米，每个系统同时工作的吸尘口为4~5个，每个吸尘口的风量为150m³/时。
集中式真空吸尘不会影响室内的洁净度，因此，集中式真空吸尘方法多用在级别较高（100级、10级、1级），面积较大的洁净室中。
洁净室的清扫制度在一般情况下，每班（每天）小清扫一次；每周中清扫一次，每月大清扫一次。并且要设专人负责管理、监督和检查。还要有一定的培训制度。