1、热水
热水是比较好的热源，不仅调节和管理方便，而且被处理的空气的品质也好，在洁净室内工作的人员感觉比较舒适，对送风温度的控制也比较容易，而且精度高很多。有蒸气源的工程都将蒸汽通过板式换热器交换成热水作为加热源。以热水作为热源，水温可以取45～90℃，水温差一般取5～20℃。供水温度和温差要根据工程的实际情况来决定。如用热泵机组作为热源，它能提供的水温不会高于45℃，因此供回水的温差也就取5℃，这样就要求空调箱内加热器的加热面积要大，在空调箱这方面的初投资就增加了。
2、蒸汽
用蒸汽直接作为热源时，舒适度较差，管理也比较麻烦，控制温湿度的精度也较差，但是优点是初投资较省。一般用蒸汽作为热源，在输送过程中采用的蒸汽压力比较高，因为高压输送蒸汽成本低，沿程阻力所占降压比例很小。高压蒸汽到达使用点时，根据加热器的承压要求，就近进行减压处理，然后再给加热器使用，凝结水经过疏水器进入凝结水回收管送回锅炉房。排污水要经过排污降温池处理后再排入下水管。
3、电加热
用电加热作为加热源时控制灵活、方便、精度高，节省初投资。但是，电加热的效率低，运行费用很高，而且电是高品位能源，用电加热不符合能量梯级利用的原则。从节能的角度上电加热作为主热源是不允许的。不过在洁净空调系统中用电加热作为温湿的微调还是有必要的。