真核微生物是指细胞核有核仁和核膜，能进行有丝分裂，细胞质中存在线粒体和内质网等细胞器的微生物。真核微生物主要包括：**（酵母菌、霉菌和担子菌）、微型藻类和原生动物等。以下主要介绍在食品微生物中*常见的是**——酵母菌和霉菌。
酵母菌(yeast)是一群单细胞的真核微生物。这个术语是无分类学意义的普通名称。通常用于以芽殖或裂殖来进行无性繁殖的单细胞**，以与霉菌区分开。极少数种可产生子囊孢子进行有性繁殖。
酵母菌应用很广，它在与人类密切相关的酿造、食品、医药等行业和工业废水的处理方面都起着重要的作用。我们可以利用酵母菌酿酒、制造美味可口的饮料和营养丰富的食品（面包、镘头），生产多种药品（核酸、辅酶Ａ、细胞色素Ｃ、维生素Ｂ、酶制剂等），进行石油脱蜡、降低石油的凝固点和生产各种有机酸。由于酵母菌细胞的蛋白质含量很高（一般大于细胞干重的50%），且含有、矿物质和核酸等，所以，人类在利用拟酵母、热带假丝酵母、白色假丝酵母、粘红酵母等酵母菌处理各种食品工业废水时，还可以获得营养丰富的菌体蛋白。
当然，也有少数酵母菌（约25种）是有害的，如鲁氏酵母（Saccharomyces rouxii）、蜂蜜酵母（Saccharomyces mellis）等能使蜂蜜、果酱变质，有些酵母菌是发酵工业污染菌，使发酵产量降低或产生不佳气味，影响产品质量，白假丝酵母（Candida albicans）又称白色***）可引起皮肤、粘膜、呼吸道、消化道以及泌尿系统等多种**。新型隐球酵母（Cryptococcus neoformans）可引起慢性脑膜炎、肺炎等。
